As bicicletas elétricas costumam ter várias medidas de impermeabilização, pelo que não há problema se apanharem chuva. Isso não significa, porém, que possam circular dentro de água à vontade. Tenha em atenção que o kit de roda da bicicleta elétrica não deve ser recarregado logo após apanhar chuva: deve ser deixado a secar num local ventilado antes de voltar a ser carregado.
Se a bicicleta elétrica ficar muito submersa, o controlador pode fazer com que o motor inverta o sentido de rotação. O proprietário pode desmontar o controlador, limpar a água do interior, secá-lo com um secador de cabelo e voltar a instalá-lo.
A resistência à água pode comprometer o equilíbrio da bicicleta elétrica ao atravessar zonas alagadas. Além disso, nestas zonas, as tampas das caixas de visita podem estar abertas, o que é muito perigoso. Por isso, o melhor é desmontar e empurrar a bicicleta nas zonas alagadas.